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Une nouvelle espèce de superbactérie est en train d'émerger — et elle adore manger du sucre

2020

Aux États-Unis, près d'un demi-million de personnes tombent malades chaque année à cause de la bactérie Clostridioides difficile, selon les estimations des Centers for Disease Control. Ce microbe s'attaque aux personnes dont le système immunitaire est affaibli et aux bactéries intestinales modifiées par l'utilisation d'antibiotiques - exactement le genre de patients dont le corps ne peut supporter la diarrhée et les maladies intestinales qui en résultent.

Une nouvelle étude du génome de la bactérie suggère que C. difficile est en train de devenir deux espèces. Et l’un d’eux est conçu pour attaquer les hôpitaux.

"L'étude montre l'évolution de l'agent pathogène C. difficile en réponse au régime alimentaire occidental sucré et aux désinfectants hospitaliers courants", explique Nitin Kumar, bioinformaticienne principale au Wellcome Sanger Institute, qui est l'un des auteurs du document.

Kumar et ses collègues ont collecté un total de 906 souches différentes (ou variantes) de C. diff qui vivent chez l'homme, les animaux et dans l'environnement et ont séquencé leur ADN. En comparant les génomes résultants, ils ont constaté qu'environ 70% des souches recueillies auprès de patients hospitalisés partageaient des traits génétiques distincts.

Ce groupe, maintenant connu sous le nom de C. difficile clade A, est "sur le point de devenir une espèce différente", dit Kumar. Pour appartenir à la même espèce, explique-t-il, différentes souches de bactéries doivent partager plus de 95% de leur ADN. C Les souches . clergé A se trouvent juste à la frontière, partageant 94 à 95% de leur ADN avec d'autres sous-types de l'espèce.

Le microbe émergent présente des caractéristiques qui le rendent idéal pour vivre dans les hôpitaux: il est résistant aux antibiotiques, difficile à tuer avec des désinfectants hospitaliers et dévore les sucres simples qui caractérisent le régime alimentaire occidental moderne (en particulier celui qui contient des liquides clairs et des aliments mous après la chirurgie). .

À environ 76 000 ans, les souches qui composent le clade A de C. difficile sont beaucoup plus anciennes que le système hospitalier moderne dans lequel elles se développent, mais cette nouvelle étude montre qu'elles ont commencé à prendre de l'importance à la fin des années 1600. C'est à peu près à l'époque où les conventions de la médecine moderne ont également commencé à apparaître. Alors que notre système hospitalier se développait, les bactéries ont évolué avec lui. Maintenant, ils sont prêts à considérer nos corps post-chirurgicaux comme des biens immobiliers de choix.

"Je pense que nous connaissons assez bien le concept [d'évolution bactérienne], déclare Carlos Figueroa-Castro, un médecin qui étudie le C. difficile au Medical College of Wisconsin mais qui n'a pas participé aux recherches actuelles. Bien que l'idée d'adapter les bactéries s'épanouir dans un environnement humain n'a rien de nouveau, utiliser des outils génétiques pour examiner leur évolution pourrait offrir de nouvelles options de traitement, a-t-il déclaré, en modifiant le régime alimentaire des personnes vulnérables au clade A du C. difficile les sucres simples et les glucides, ou même la création de médicaments ciblés qui peuvent garder les bactéries intestinales pendant les traitements antibiotiques.

Casey Theriot, un microbiologiste qui étudie le C. difficile à la North Carolina State University, est du même avis. Elle dit que la recherche offre une preuve supplémentaire que parce que C. difficile a évolué pour tirer parti de nos tripes modernes, les rendre moins hospitalières aux agents pathogènes est un moyen de prévenir les infections. Des traitements thérapeutiques ciblés et des interventions diététiques pourraient protéger les patients vulnérables des problèmes d'estomac chroniques et débilitants - et peut-être aussi nous protéger d'autres fléaux bactériens.

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